พ.ศ ๒๔๘๘ เมื่อสงครามโลกครั้งที่ ๒ อุบัติขึ้นบนอำนวยศิลป์ยังคงเปิดสอนตามปกติ ต่อมาเครื่องบินของพันธมิตรได้เข้าทิ้งระเบิดในเวลาเดือนหงาย และเริ่มถี่ คืนเดือนมืดจะมีการจุดพลุส่องสว่าง เพื่อหา เป้าทิ้งระเบิดพระนครส่วนใหญ่พากันอพยพออกจากพระนครลี้ภัยสงครามต่างจังหวัด วันที่ ๕ มิถุนายน ๒๔๘๗ เป็นวันหยุดวันวิสาขบูชา เป็นที่เครื่องบินได้เข้าทิ้งระเบิดในช่วงเวลากลางวันโดยฝูงบินจากหมู่เกาะมาเรียนนานับร้อยเครื่องทิ้งระเบิดโรงไฟฟ้าวัด และ สะพานพุทธฯ พลาดลงที่กำแพงด้านข้างโรงเรียนบางห้องพังทลาย ที่เหลืออยู่ก็ได้รับความเสียหาย รัฐบาลประกาศปิดโรงเรียนทั่วประเทศไม่มีกำหนด ระหว่างโรงเรียนปิดไม่มีรายได้ ครูจิตรพยายามจ่ายเงินเดือนตามปกติ แต่กระนั้นครูทั้งหลายต่างรู้สึกเสียขวัญ ต่อมาโรงเรียนอยู่ในสภาพลำบากมากขึ้น ต้องลดเงินเดือนหนี่งในสี่ โดยโรงเรียนเลี้ยงอาหารกลางวันครู ครูเอิบ ทังบุสุตร ได้เข้ามาใกล้ชิดและปลอบใจให้ครู และช่วยแก้ไขปัญหาการเงินโดยขายที่ดินของท่านที่ตำบลระแก อำเภอพระประแดง เพื่อนำเงินมาจ่ายเงินเดือนครู สงครามยังยือเยื้อ โรงเรียนได้ขายรถใหญ่ไป ๒ คัน และลดการจ่ายเงินเดือนเหลือเพียงครึ่งหนึ่ง ต่อมาการเงินของโรงเรียนตึงหนักมากขึ้นตามสภาวะสงคราม โรงเรียนเกิดความฝืดเคืองอย่างหนัก ต้องขอให้ครูแยกย้ายและให้กลับมาทำงานหลังสงครามเลิก ครูคนใดไม่ต้องการทำงาน ครูเอิบให้ไปพำนักที่ตำหนักเก่าของกรมพระสมมติอมรพันธ์เสาชิงช้าซึ่งเป็นทรัพย์สินที่ท่านได้รับจากบิดา (ต่อมาเป็นที่ตั้งโรงเรียนเทเวศร์วิทยาลัย) ครูที่พักอยู่ที่วังกรมพระสมมตอมรพันธ์ มีอาทิ ครูพา ไชยเดช กับครอบครัว ครูชลิดา เปาโรหิตย์ ครูชลอ จินดาสิริ ครูประจวบ ลิมพะสุต ครูวิเชียร โสภณปาล โดยมีครูพา ไชยเดช เป็นผู้ดูแลการเปิดเป็นหอพักนักเรียนและเปิดสอนพิเศษมีครูอีกหลายท่านที่พักอยู่ที่บ้านตนเองแต่มาสอนกวดวิชาด้วย เป็นรายได้ของของครูในสยามสงคราม ปี ๒๔๘๘ เมื่อสงครามสงบลงโรงเรียนอำนวยศิลป์สามารถเปิดสอนได้ทันที เพราะครูทั้งหลายยังรวมตัวกันอยู่ได้ส่วนที่แยกย้ายไปเมื่อทราบข่าวว่าโรงเรียนเปิดแล้วก็รับกลับมาสอนเมื่อนักเรียนทราบข่าวก็กลับมาเข้าเรียนกัน
โดยเร็วทำให้กิจการโรงเรียนดำเนินต่อไปได้อีกครั้งหนึ่ง หลังสงครามโลกสงบลงใหม่ๆ โรงเรียนเปิดเป็นสหศึกษาและเปิดชั้น ม.๖ พิเศษ คือทำการสอนควบกับหลักสูตร ม.๗ และ ม.๘ พ.ศ ๒๔๙o ครูจิตร ทังสุบุตร รับโอนกิจการโรงเรียนเทเวศร์ วิทยาลัยซึ่งตั้งอยู่ที่วังกรมหมื่นเทววงศ์โรปการจากเข้าของเดิม และย้ายมาทำการสอนที่วังกรมพระสมมติอมรพันธ์จากนั้นปี ๒๔๙๑ ได้โอนย้ายครูอุบล สุวรรณภาณุ จากโรงเรียนอำนวยศิลป์มาเป็นครูใหญ่ ภายหลังนักเรียนเพิ่มมากขึ้น จึงได้แยกชั้นอนุบาลไปเรียนที่โรงเรียนเทเวศร์วิทยา ในซอยวิทยาลัยครูบ้านสมเด็จ จังหวัดธนบุรี งานชุมนุมศิษย์เก่าอำนวยศิลป์มีขึ้นเป็นครั้งแรกที่โรงเรียนอำนวยศิลป์ ปากคลองตลาด ในปี ๒๔๙๑ ขณะนั้นมีจำนวนนักเรียนกว่า ๘,๘๑๙ คน ครูจิตร ทังสุบุตร ได้ประเดิมทุนให้กับสมาคมฯ ๕,ooo บาท และอนุญาตให้ใช้สถานที่ของโรงเรียนเป็นที่ตั้งสมาคมศิษย์เก่าอำนวยศิลป์ได้ สมาคมศิษย์เก่าอำนวยศิลป์ได้จดทะเบียนก่อตั้งเสร็จเรียบร้อยเมื่อ ๑๕ ตุลาคม ๒๔๙๔ เลขทะเบียที่ ๔๖๙ ศาสตราจารย์ ไสว สุทธิพิทักษ์ รุ่นสิงห์แก่ ได้รับเลือกตั้งเป็นนายกสมาคมศิษย์เก่าอำนวยศิลป์คนแรก